纽约市的五大区之中有四区位于岛上，所以区之间的交通便需要由数量众多的桥梁及隧道连接，是其一大特色，对于遭哈德逊河、东河、哈林河纽约湾包围的曼哈顿岛来说，尤其如此。故纽约市不论是桥梁隧道的建筑、数量及繁忙程度，均领先于全球。这些桥梁及隧道对曼哈顿和邻近布鲁克林与皇后区的发展贡献甚巨，因为桥梁及隧道是民众往来曼哈顿及郊区间的必经通道；而桥梁及隧道的兴建，更是使纽约市的版图在20世纪得以自原有的曼哈顿向外扩张，直至今天的五大行政区的主要功臣之一。但每逢上下班尖峰时刻，这些通道反而变成了交通瓶颈，有时也常殃及周边的道路。
　　布鲁克林大桥是纽约市最早的大桥，落成于1883年。在那之前，要渡河唯有透过渡轮，不但不方便，也十分危险。布鲁克林大桥的完工，不但显示造桥工程的进步，也使得曼哈顿与布鲁克林得以连接，更替大纽约都会区的快速发展开了第一枪。
　　后来为了因应纽约市发展的脚步，政府在曼哈顿周围的水域上架起了更多的桥梁。其中威廉斯堡大桥及曼哈顿大桥布鲁克林大桥一样是跨越东河的著名桥梁，分别于1903年及1912年通车；联接曼哈顿和皇后区的皇后区大桥竣工于1909年，是纽约一座重要悬臂梁桥；30年代，尽管正值经济大恐慌时期，三区大桥却诞生了；该桥由于前端分岔为三路，连接了皇后区、布朗克斯区及曼哈顿区三区而得名。此时在哈德逊河上，乔治华盛顿大桥也随后完成，为纽约港务局（今纽约与新泽西港口事务管理局前身）首桩重大工程，亦为哈德逊河上第一大桥。韦拉札诺海峡大桥横跨了纽约湾南方的韦拉札诺海峡，连接纽约市的史泰登岛与布鲁克林，该桥在1964年完工之初为全世界最长的悬索桥，并对提供新泽西州直通长岛与肯尼迪机场、减缓曼哈顿公路的拥挤车流，有相当大的贡献。
　　隧道方面，哈德逊河底下的林肯隧道 每日有120000辆车往来于曼哈顿及新泽西之间，为世界上最繁忙的行车隧道。荷兰隧道亦位于哈德逊河下，世界上第一座采用通风系统的行车隧道，十分受到美国建筑界的人士尊敬，并视之为美国工程界的重要地标。这两座隧道都被建造以代替桥梁，并允许大量的乘客及货运船舶自由通行。自从荷兰隧道落成于1927年后，东河底下仍继续兴建隧道，以解决曼哈顿及长岛间的交通堵塞。1940年竣工的皇后区-中城隧道为当时规模最大的非联邦政府所计划的工程。启用于1950年的布鲁克林-炮台公园隧道长2799米，为北美洲最长的水底隧道。