由于开发较早的缘故，波士顿人口密度非常高。根据美国人口调查局资料，该市的总面积为89.6平方英里（232.1平方公里）；其中陆地面积为48.4平方英里（125.4平方公里），水域面积为41.2平方英里（106.7平方公里，占46.0%）。而其它许多人口相仿的城市，如丹佛有154.9平方英里，而夏洛特有280.5平方英里。在50万人口以上的美国城市中，只有旧金山和华盛顿的面积小于波士顿。

　　波士顿的海拔高度，以洛根国际机场为标准，是19英尺（5.8米）。波士顿的最高点是贝勒维尔山，海拔330英尺（101米）。与波士顿毗邻的城镇有温索普、里维尔、切尔西、艾弗瑞、萨默维尔、剑桥、水城、牛顿、布鲁克兰、尼达姆、戴得汉姆、坎顿、米尔顿和昆西，通常都被认为是大波士顿的一部分。

　　后湾和波士顿南区的大部分是用垃圾碎石填海形成的新生地，面积是波士顿最初的3座小山区域的2倍半。最初的3座小山中只有最小的灯塔山被削低以后被保留了部分。市中心区域及近邻地区主要由低层砖砌或石砌建筑组成，有许多联邦建筑风格的古老建筑，其中一些与现代高层建筑混杂在一起，特别是在金融区、政府中心、南波士顿滨水地区和后湾，有波士顿公共图书馆、基督教科学会教堂、科普来广场、纽伯里街等许多杰出的地标建筑，还有新英格兰最高的2座建筑：约翰·汉考克塔楼和慎重塔楼。约翰·汉考克塔楼的近旁有伯克莱大厦（老约翰·汉考克大厦）及其醒目的气象塔。在由单户居住的别墅和多户居住的砖木结构的联排式房屋构成的住宅区中，则散布着一些较小的商业区。目前，南区历史地区仍保留着美国规模最大的维多利亚时期街区。

　　波士顿公园（Boston Common）位于金融区和灯塔山附近，是美国最古老的公园。连同附近的波士顿公共花园，都属于"翡翠项链"（一系列环绕城市的公园）的一部分，并且都是由弗雷德里克·劳·奥姆斯泰德所设计。主要公园还有沿着查尔斯河的河岸休闲公园。其他公园则散布全市。主要的公园与海滩都靠近查尔斯镇、城堡岛，或沿着多尔切斯特、南波士顿和东波士顿的海岸线。该市最大的公园是弗兰克林公园，包括动物园、阿诺德植物园，和石溪国家保留地。

　　查尔斯河将波士顿市区和剑桥、水城以及邻近的查尔斯镇分隔开来，向东面是波士顿港和波士顿港岛国家休闲区。尼本赛特河构成波士顿南区与昆西、米尔顿2市的界河。神秘河则将查尔斯镇与切尔西和艾弗瑞分开，而切尔西溪与波士顿港将波士顿和东波士顿分开。