波士顿实行实权市长制度，市长被授予广泛的行政权力，每四年选举一次。市议会每2年选举一次，有9个席位按照每个选区进行多数投票，另有4个席位进行普选，每个投票者直接对普选候选人进行投票。每个候选人只能投票一次。得票最高的4名候选人当选。议长由议员们选举产生。学校委员会由市长指定。

　　作为马萨诸塞州首府，波士顿在马萨诸塞州政治生活中扮演重要角色。波士顿还是美国联邦政府在新英格兰的中心，建有约翰·肯尼迪联邦办公大楼和托马斯·奥尼尔联邦大厦。该市还设有美国联邦第一巡回上诉法院、马萨诸塞地区法院，以及波士顿联邦储备银行（联储第一区）总部。该市属于美国众议院马萨诸塞州第8选区和第9选区。