1997，该基金会以9400万美元的初始股票赠与威廉H盖茨，成立了该基金会。1999，该基金改名为比尔和梅林达盖茨基金会。2000年与盖茨学习基金会合并后，盖茨额外补充了1亿2600万美元。在基金会的几年，资金增加到20亿美元。2006年6月15日，盖茨宣布辞退微软的日常事务，让他把更多的时间有效的投入到基础工作中去。
　　该基金会基金的规划是非常严谨的，2006年4月开始，基金被分为四个部分，包括核心业务部分—公共关系，财务管理，人力资源。在首席运营官谢丽尔史葛的管理下被分为三个部分：
　　全球健康计划
　　全球发展计划
　　美国计划
　　据华尔街日报报道，基金会将根据新的赠款项目的计划，在未来的几年中调动上千万资金来解决全球范围内的贫困问题。
　　2008年12月18日，克林顿基金公布了所有捐赠者的名单和金额，盖茨基金共捐助了1000-2500万美元的捐赠。