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    黑客帝国的故事对历史和文学有众多的联系，包括《爱丽丝漫游仙境》，救世主信仰，佛教，诺斯替教，和威廉吉布森(William Gibson)的小说，特别是《神经漫游者》。吉布森在世界范围内普及了虚拟现实和计算机网络的界面，他还在自己的蔓生三部曲中首次使用了Matrix这个词。然而其名字和概念显然出自更早的1976年英国科幻电视剧系列Doctor Who，使用了Matrix作为虚拟现实的代名词。(在吉布森的小说中具体指代网络拟像)。第一个写作关于虚拟现实的作家是Daniel F. Galouye，在1964年出版了Simulacron Three。

    人工智能打败人类的概念先前被数百部科幻作品触及到。很多人认为黑客帝国系列受到Philip K. Dick作品的影响，不只是因为包含了大量诺斯替教的教义和预言，还有后启示录世界与机器打仗。世界被机器控制，人类藏于地下的创意最早出自1909年E. M. Forster的短篇小说Machine Stops。

    《黑客帝国》剧情类似吉布森的《神经漫游者》的基本走向。这并不奇怪，因为《黑客帝国》和《神经漫游者》都是相同的赛博朋克，属于软科幻。(《神经漫游者》的出版造成了对赛博朋克普遍深入的影响)。两个故事中，一个黑客被招募执行一项艰难的任务。相似之处有黑客英雄，女性助手，和恶意的虚拟对手。

    两部作品仍然有极大的不同之处。比如说，吉布森的人类图灵机警察(《攻壳机动队》等作品的创意来源之一)限制人工智能的增长。Matrix中的特工则相反，是AI限制人类的增长。吉布森的作品表现了人类必须在AI能源冬天的时候行动；最后也是好人获得胜利。相反的，黑客帝国中人类和AI的关系模糊了正义与邪恶的界限。以这个立场来看，黑客帝国中叙述性的内容时常与《神经漫游者》相反。

    两者之间另一个联系是一个叫做Zion的地方。《神经漫游者》中，Zion是由塔法里教徒创建的殖民地，是主要角色在到达自由乐土之前休息的地方，是一个巨大的轨道站。小说的最后部分就发生在这里。《黑客帝国》中，Zion是自由人类的地下家园。这很有可能是一个巧合，因为Zion是一个常用的神话城市隐喻，代表人类的最后希望.Zion在黑客帝国中的使用既是一个隐喻，又是表达对吉布森的敬意。

    黑客帝国和Frank Herbert的小说Dune也有相似之处，人和机器的战争蕴含宗教暗示。其他的相似之处出现在《黑客帝国3矩阵革命》中。Neo在与敌人搏斗中弄瞎了，但仍然可以看见，但“看见”的方式不同了。Paul Muad'Dib在Dune中也一样。在那之后，Neo看见了一条“金色大道”，在Dune中则被称为“选择”，Dune中的Muad'Dib没有选择这个，而在《黑客帝国3矩阵革命》中，Neo选择了这条路。还有，Neo选择牺牲自己来达到和平，Paul Muad'Dib放弃了一切到Dune Messiah的沙漠来拯救他帝国里的人民。但并不是说《黑客帝国》大量受这部书的影响，《黑客帝国》中的各项举动都是来自宗教概念。科幻作品大量的相似性是由于宗教观念的普及导致的。