1. 经过
　　这班波音767-366ER客机（注册编号：SU-GAP）在肯尼迪国际机场起飞往开罗后30分钟，从雷达上消失，并与控制塔失去联络。飞机由原定的飞行高度急降至16,000呎，再爬升至24,000呎，最后就一直急降至坠落在大西洋海上，整个过程只是36秒。
　　航机载有14名机组人员（4名飞行员，当中2名是后备机长和机师，加上10名服务员），和203名乘客（来自七个国家，包括美国、加拿大、埃及、德国、苏丹、叙利亚和津巴布韦），其中一名是埃及军方的高层人士。
　　飞行纪录显示飞机移动升降舵来令飞机维持急降，机长和机师的控制纪录显示，他们的操作完全符合升降舵的移动来试图挽救飞机。这个区域当时没有其它飞机，也没有证据显示飞机曾发生爆炸。飞机的引擎全程操作正常，直至他们把它关掉且左边引擎因压力过大而脱落为止。
　　2. 调查
　　美国国家运输安全委员会（NTSB）认为备勤机师Gamil Al-Batouti，在正机长离开驾驶室时控制飞机。他关掉了自动导航系统，有意把飞机坠落在大西洋海上。他不停念着"Tawakalt ala Allah"（"I put my trust in God"，我把信念都交托给神），还有作出和正机师挽救客机完全相反的操作。这些只是美国当局的猜想且未经证实，但可能有杀人倾向或自杀倾向的说法则在报告的分析上指出。
　　这个结果引来埃及政府的不满，他们认为是飞机的机件问题而导致意外。在西方国家，当中的埃及社群都对这份报告十分不满，因为他们认为埃及人根本不喜欢自杀。埃及政府的理据经过美国方面的论证，但全部都和事实不符。例如，埃及方面指升降舵失去控制，但美国方面指当时升降舵是处于「分裂的状态」。在这种情况下，一边是升而另一边是降，这种情况在767上只有飞行人员的操作才会做到。
　　而这宗空难，则认为和阿尔盖达没有关系。因为这次不同911事件，机长是正常地离开驾驶舱，也没有对乘客有额外的警愓。而这次事件也没有证据证明有非驾驶员走入驾驶室来令飞机失事。不过，从后备机长念读句子的行为，则被视为是自杀的证据。
　　3. 事后
　　埃及航空已取消洛杉矶至纽约的航段，只保持纽约到开罗的航段，航班改为MS986，并改用波音777执行此航段。