基辛格是世界著名的外交家，但他在南美国家前政府的一系列血腥屠杀中却扮演了不光彩角色。提前出版的美国《洞察》杂志公布的解密档案揭露，基辛格曾暗中纵容前阿根廷军人政权发动“肮脏战争”。
阿根廷的“肮脏战争”
1946年庇隆当选阿根廷总统，集军政大权于一身，形成“庇隆主义党”，宣传民族主义，提出经济独立的口号，实行有利于本国工业发展的五年计划。执政后期，因对美国妥协和国内经济状况日益恶化，国内阶级矛盾加剧。1959年9月19日，阿根廷军队联合发动政变，庇隆政权被推翻。1973年，阿根廷军人政权倒台，以庇隆为首的“解放正义阵线在大选中获胜，庇隆又登上总统宝座。1974年7月庇隆去世，他的妻子、共和国副总统伊萨贝尔•马丁内斯•德庇隆根据宪法继任总统，并由此成为世界上第一位女总统。
伊萨贝尔是靠丈夫的扶掖和声望才登上总统宝座的，她从庇隆那里继承下来的不仅是国家总统和正义党主席两顶桂冠，还有国家在政治、经济和社会治安方面的一副烂摊子。她既缺乏治国安邦的经验，也没有凝聚力。她掌权后不久，各种麻烦就纷至沓来。不到3个月，就有近百人死于非命，闹得人心惶惶。
就这样，伊萨贝尔苦苦支撑了一年多时期。到了1976年3月24日，以陆军司令魏地拉上将、空军司令阿戈斯蒂上将和海军司令马赛拉中将组成的军人执政委员会发动政变，关押了庇隆夫人并且接管全国政权。两天后，魏地拉将军正式成为阿根廷第38任总统。
魏地拉上台之后，发动了镇压左翼不同政见者及其同情者的“肮脏战争”，对民主进步人士进行有系统的迫害和残杀。据国际人权组织估计，在那起运动中有3万人遇害和失踪，即使是官方的统计数字也达1.5万人之多。阿根廷政府前不久发表一份报告指出，在1976年至1983年的军人执政期间，至少有9000人失踪，并已被假定死亡。
当时臭名昭著的海军技工学校不仅是军人执政委员会的地下屠场，内中还有一个秘密母婴病房。怀孕的不同政见者或其家属被带到这里，强行接受引产或剖腹产手术，然后惨遭杀害。而初生的婴儿则送由无子嗣的军官收养。人权组织称，目前已有200起婴儿失踪案得到了证实。
基辛格默认阿政府行为
《洞察》杂志披露的档案显示，1976年时任美国国务卿的基辛格曾在阿根廷前军政府所谓的“反恐怖运动”中扮演过举足轻重的角色。
这些档案解开了两大谜团：第一，它们首次确证了基辛格曾和当时的阿外长古再帝“亲密接触”过，而这一点长期以来都为基辛格及其下属竭力否认。其二，它们还明白无误地表明了美国驻阿特使罗伯特•希尔曾经不遗余力地向阿政府的个人进言以及给基辛格发电报，试图阻止那场血雨腥风，可是都无济于事。
希尔称，阿外长古再帝从华盛顿回来之后简直“欣喜若狂”，并向当时的阿根廷总统魏地拉汇报说，“基辛格敦促我转告您，‘镇压恐怖主义应当快刀斩乱麻’。”
古再帝访问华盛顿是在阿根廷发动推翻宪法选举的庇隆夫人的左翼政府之后六个月，即1976年9月，那是阿根廷历史上的非常时期。就在古再帝的美国之行前夕，希尔向美国政府通报了阿军人政府杀害牧师以及将47人暴尸街头的事件。没想到，当时的美国政府装聋作哑。古再帝本以为从美国那里会听到关于阿政府镇压人权运动的强烈警告，可是令他“欢欣鼓舞”的是美国方面对此居然没有提出异议。
古再帝结束其为期两周的美国之行回国后告诉希尔，他此行最大的收获是从美国政府那里得到明确的印象，让美国政府最放心不下的不是阿根廷的人权状况，而是阿政府是否能在短时期内“摆平恐怖主义”，恢复国内平静。
为了制止这场阿根廷国内的“肮脏战争”，希尔可谓是“猪八戒照镜子，两头不是人”。一方面，在阿根廷国内的左翼记者和历史学家的眼里，他是一个可笑的“美帝国主义者”，与美国国务卿及其美国情报部门有着盘根错节的关系。另一方面，基辛格在1988年的一封私人信件中曾私下将希尔描述为一个“醉心于人权活动的狂热分子”。基辛格的描述与那些曾在布宜诺斯艾利斯与希尔共过事的其他美国外交官却可以证明希尔的右翼倾向。
事后一切正如希尔大使所担心的那样，阿根廷军政府在1976年之后持续数年对国内进行大血洗，等到基辛格最后不得不被迫改变其政策时，一切都为时已晚。