开庭陈述
    原告
    艾瑞克•罗斯采尔德（Eric Rothschild）代表原告方进行开庭陈述。他说原告将能够提供许多例子，证明教育委员会是希望平衡演化论与创造论。他攻击被告方声称没有“任何违反宪法的东西”的说法。并定义创造论的意思：
    创造论是一个理论，认为生命的各种型态是突然出现的，它们的特色从诞生以后就保持原封不动：鱼类带有鱼鳍与鱼鳞、鸟类带有翅膀与羽毛、哺乳类带有毛皮与乳腺。[12]
    他比较了创造论与智慧设计：
    智慧设计的意思是，生命的各种型态是突然出现的，经由一个智慧的作用，它们的特色从诞生以后就保持原封不动：鱼类带有鱼鳍与鱼鳞、鸟类带有翅膀与鸟喙，还有羽毛等等。[13][14]
    他也表示在智慧设计不是初生的科学([1])，而根本不是科学。
    被告
    派崔克•基兰（Patrick Gillen）代表被告方进行开庭陈述。他先说明委员会的目的，以及这些支持者是为了增进科学教育。他表示这项政策是一种适度的改变。并将先前发表具宗教意图的声明的威廉•巴金汉淡化处理。他说：“委员会听取科学教职员的意见比听取巴金汉的更多。”他表示此政策并没有“宗教的意涵”（religious agenda），他指出委员会的成员艾伦•邦瑟尔是自己在阅读中发现出演化论的缺陷，例如皮尔当人。
    证人
    原告方
    2005年9月27日
    肯尼迪•米勒（Kenneth R. Miller）为布朗大学的生物学教授，且是一位反对智慧设计与创造论运动的作家与评论家，本身亦为天主教的平信徒，[15]曾经写过一本书籍称为《寻找达尔文的神》（Finding Darwin's God）。在这场诉讼中为原告的专家证人。他表示智慧设计并非可试验的理论，且不被一般科学界所接受。而虽然智慧设计本身无法被证伪，但是许多智慧设计的拥护者所作的宣称已被证明是假造。当问到课程上宣读声明有哪些害处，米勒作了两项回应：
    1. “错误地损害了演化理论的状况，并使学生误解何谓理论。[16]”
    2. “当一个拥有信仰并有幸得到两个女儿的人，他养育并使女儿在教会中长大。若她们受教育时被明确或暗示地强迫在神与科学之间作选择，那么我会相当生气，因为我希望我的孩子保持他们的信仰。[17]”
    泰咪•奇兹米勒（Tammy Kitzmiller）为事实证人，他是原告领导者，且为多佛学区学生的家长。
    阿拉宁•卡拉汉（Aralene "Barrie" D. Callahan）为原告、家长，并曾任教育委员会成员达10年，在委员会作决定的期间辞职。她在作证时表示委员会成员之一艾伦•邦瑟尔曾在2003年春天主张演化与创造应该在课程中各占相等比例。
    布莱恩•莱姆（Bryan Rehm）为当天最后一位证人。他先前是一位多佛的物理老师以及学生家长，他与他同为原告的妻子在一所假日圣经学校（Vacation Bible School）中任教。他在作证时表示委员会中的课程主任艾伦•邦瑟尔曾要求教师观看一部智慧设计影片，名为演化论的圣像（Icons of Evolution）。以及邦瑟尔不相信演化论，并希望见到课堂上演化与创造各占一半。
    2005年9月28日
    罗伯特•宾诺克（Robert T. Pennock）是一位哲学家，目前在密歇根州立大学担任副教授，工作是Avida软件的电子生命（digital organism）计划。他写过许多批评智慧设计的书籍与文章。在这次诉讼中为专家证人。
    朱莉•史密斯（Julie Smith）为原告与家长。她表示此项政策对她的女儿产生了不友善的气氛，他的女儿对于具有天主教出身感到困扰，因为她在接受了演化论之后被说成是无神论者。
    克莉丝蒂•莱姆（Christy Rehm）作证。
    贝斯•伊芙兰德（Beth Eveland）作证。
    斐特列•卡拉汉（Frederick B. Callahan）作证。
    2005年9月29日
    卡洛•布朗（Carol Brown）作证。
    杰夫•布朗（Jeff Brown）作证。
    2005年9月30日
    约翰•豪特（John Haught）是乔治城大学的一位天主教神学家，他的专业兴趣之一是调解演化与宗教。在诉讼中为原告方的专家证人。他认为委员会的政策是“强迫公立学校的教师在上生物课时呈现给他们的学生来自宗教而非自然科学的讯息[18]”。他也说唯物主义“和智慧设计一样是一种信仰，在课堂中绝不可能出现[19]”。
    2005年10月5日到2005年10月6日
    芭芭拉•佛瑞斯特（Barbara Forrest）是东南路易斯安那大学（Southeastern Louisiana University）历史学与政治科学系的哲学教授，在诉讼中作为原告方的专家证人[20]、书面证人以及追加证人[21]。她曾与科学家保罗•葛罗斯（Paul R. Gross）合著一本称为《创造论的特洛伊木马：智慧设计论的起因》（Creationism's Trojan Horse: The Wedge of Intelligent Design）的书籍。在她作证之前汤玛斯•摩尔法律中心申请了一项提议，要求将她排除在专家证人名单之外。法律中心在提议中形容她为“…一位专门针对发现研究院的阴谋论者和网络跟踪者[22][23]”后来琼斯拒绝这项提议。佛瑞斯特在作证时阐述了智慧设计运动的历史，她引用了一些知名人物的著作，例如发现研究院的《楔子文件》（Wedge Document）与菲力普•詹森（Phillip E. Johnson）的《演化论如何辩论胜利》（How the Evolution Debate Can be Won），还有威廉•但布斯基（William Dembski）的智慧设计书籍。她也表示智慧设计只是创造论的另一个名字，企图将宗教观念以科学的方式呈现。她指出詹森“认为演化威胁到圣经与与美国文化中的道德观”，以及詹森所发起的运动目的之一是统一宗教世界。佛瑞斯特表示她并没有证据能证明教育委员会成员曾在展开诉讼前看过《楔子文件》。后来包括批评者与支持者，都认为她的证词对这场诉讼具有显著的影响。
    2005年10月6日
    珍妮佛•米勒（Jennifer Miller）作证。
    贝尔撒•史巴尔（Bertha Spahr testifiedy）作证。
    2005年10月12日
    布莱恩•阿尔特斯（Brian Alters）是生物学的理学士（BCs）与科学教育学的哲学博士，在麦吉尔大学担任教育学助理教授。在诉讼中是原告方的专家证人。
    辛西亚•史尼斯（Cynthia Sneath）作证。
    2005年10月14日
    史蒂芬•史托（Steven Stough）作证。
    凯文•巴帝安（Kevin Padian）作证。
    约耳•里尔布（Joel Lieb）作证。
    被告方
    放弃作证
    狄克•卡宾特（Dick M. Carpenter II）。
    威廉•但不斯基（William Dembski）。
    史帝芬•梅尔（stephen Meyer）。
    瓦伦•诺得（Warren A. Nord）。
    2005年10月17日到2005年10月19日
    麦可•贝希（Michael Behe）为宾夕法尼亚理海大学的生物化学教授，曾经写过一本名为《达尔文的黑盒子》（Darwin's Black Box）的书，在书中首次将智慧设计的重要思想不可化约之复杂性定义。在本次诉讼中为第一位被告方证人，并被请求支持智慧设计为正当科学的说法。在交叉查问下，贝希坦承“任何智慧设计的拥护者并没有经过同行评审，以产生可靠的实验或计算，来证明智慧设计产生生物系统的详细状况[24]”。贝希并表示他应用在智慧设计上的理论之定义太过宽松，在他的定义下占星术也可成为理论[25]。此外并自认他与大卫•斯诺克（David Snoke）模拟出来的演化模型，显示需要多种相互作用零件组成以产生作用的复杂生物化学系统，可以在2万年中演化出需要多种、连续与未受维护的突变来决定的生物族群。即使模拟中已经过操纵，使结果看来不太可能是这样。麦可•贝西的总结是：对达尔文而言，细胞是个黑盒子，其内部的运作情况对他来说完完全全是个谜。今天，这个黑盒子已经被打开，我们知道了它的运行状况。现在我们再把达尔文的实验应用到过去四十年来所发现的分子和细胞系统的超复杂世界中，我们可以确切的说达尔文的理论”完全崩溃了“。
    2005年10月20日到2005年10月21日
    理查•尼尔森（Richard Nilsen）作证。
    2005年10月21日、2005年10月28日与2005年11月3日
    麦可•理查•巴克沙（Michael Richard Baksa）是多佛学区的助理监督（Assistant Superintendent）。作证时他表示在一封回应社会科教师布莱德•尼尔（Brad Neal）抱怨的电子邮件中，他谈及另一位主管理查•尼尔森给他的一本书《政教分离的迷思》（The Myth of Separation）。而这本书又是理查•尼尔森从委员会成员艾伦•邦瑟尔那里所得来的，书中内容是在说明把国家与教会分离的荒谬。巴克沙曾试图改变那份课程上的声明，因为原本教师们曾建议在声明中加入“达尔文的演化理论一直是对于物种起源的支配性科学解释”，但是后来这段话被委员会删除，后来教师们又建议改为声明“因为达尔文的理论是个理论，拥有显著数量的证据支持，虽然它仍然受到新发现证据的测试”，最后巴克沙认为委员会将会拒绝这项建议，因此将“拥有显著数量的证据”删去。
    2005年10月24日
    史提夫•弗勒（Steve Fuller）是一位社会认识论学者。作证时他指出有一些科学人物的作为可用来支持智慧设计论，这段历史可以回溯到牛顿以及一些现代生物学的显著人物，例如林奈与孟德尔。为了缓和智慧设计所具有的宗教背景，他也强调哲学与科学在“发现内涵”（context of discovery、科学家的研究动机）与“正当性内涵”（context of justification、科学家如何判断一个理论）之间的差异。弗勒认为应给智慧设计一个平权措施（affirmative action），但是法官琼斯在最后判决中对此没有太大支持。后来原告方与被告方的律师，在结辩中都引用了弗勒的证词。
     原告方（要求程序外的作证）
    2005年10月27日
    威廉•巴金汉（William Buckingham）作证，但被法官裁定为敌对证人（hostile witness）。
    2005年10月28日
    海地•贝恩哈德-包博（Heidi Bernhard-Bubb）作证。
    约瑟夫•马尔多纳多（Joseph Maldonado）作证。
     被告方
    2005年10月28日
    海瑟•吉赛（Heather Geesey）作证。
    2005年10月31日
    珍•克立佛（Jane Cleaver）作证。
    艾伦•邦瑟尔（Alan Bonsell）在作证时表示他并不知道捐献给学校图书馆以收藏60本《关于熊猫与人》的资金从何而来。这些资金实际上是来自威廉•巴金汉（William Buckingham）的教会，且直接经手于邦瑟尔的父亲，因此可能是他的不具名捐献。法官为此询问了邦瑟尔大约10分钟以作为测验。
    2005年11月3日
    罗伯特•林克尔（Robert Linker）作证。
    史考特•明尼克（Scott Minnich）是爱达菏大学（University of Idaho）的微生物助理教授，也是发现研究院的成员。他曾与史帝芬•梅尔（Stephen C. Meyer）在一场工程研讨会中发表一篇论文，名称是《鞭毛协调作用与第三型网状条控的遗传分析》（Genetic Analysis of Coordinate Flagellar and Type III Regulatory Circuits）[26]。发现研究院指这篇论文已经过同行审查并支持了智慧设计理论[27]。但是在作证时，明尼克承认这篇论文只经过极少量的同行审查[28]。
    结辩
    结辩于2005年11月4日召开。在结辩中，被告方代表基兰询问法官琼斯：“根据我的计算，今天是诉讼以来的第40天，而今晚将会是第40个晚上，我想知道你是否故意安排。”而法官回答：“基兰先生，这的确是一件巧合，但是这不是经过设计的。”[29]这时引起在场人士的大笑与喝采。
    判决
    2005年12月20日，法官琼斯完成并提出139页的判决书，他接受了较多原告方的说法。其中写道：
    根据以下的理由我们得到如此的结论，智慧设计所拥有的宗教背景对于任何人，不论是大人或小孩，都是显而易见的。
    智慧设计运动值得注意的一面，是尽管被告的反对者将智慧设计描述为一项宗教意图，这样的状况下，领导智慧设计的拥护者所写的著作，依然显露出他们所说的设计者就是基督教的神。
    诉讼中的证据显示智慧设计其实就是创造论的产物。
    诉讼中的压倒性证据显示智慧设计是一种宗教观点，只是创造论的标签，且并非科学理论。
    在整场诉讼中，以及法庭上的许多说法，被告活跃的声称宣读声明并非‘教导’智慧设计，只是‘让学生注意到它’。事实上，多佛学区理事会成员之间一致的证词，明显的是选择性记忆与彻底的撒谎。我们不赞同他们因为不需要教导学生，所以并未想到他们需要多认识智慧设计的说法。
    在彻底地检视纪录与合适的判例之后，我们发现尽管智慧设计宣称其为真实，这样的主张在法庭中已失去立场，而且它并不是科学。我们发现智慧设计失败于3种不同的层次：（1）智慧设计诉诸并允许超自然的起因，来打击具有数百年悠久根基的科学。（2）智慧设计的中心思想不可化约之复杂性（irreducible complexity）之论点，与1980年代已经失败的创造论科学相同，且同样错误与不合逻辑。（3）智慧设计对演化的负面攻击已被科学界驳倒。
    在多佛智慧设计政策指示学生看的书（《关于熊猫与人》）中，包含过时的观念与错误的科学，在诉讼中已被包括被告方在内的专家证人所承认。
    智慧设计的拥护者企图避开科学的仔细检查，这使我们现在裁定他们的宣称是禁不起考验的，也就是在课堂上教导‘争论’而不是智慧设计本身这项手段，且这种手段是最虚伪也是最谬误的。智慧设计运动的目标不是鼓励批判性思考，而是煽动将智慧设计取代演化的革命。（第89页）
    因此，我们发现委员会所声称的世俗目的，其实是他们真正目的的一种借口，也就是在公立学校的课堂中推销宗教。这种作为违反了禁止设置条款（Establishment Clause）。   
     结论
    法官琼斯在第136页到第138页的结论中写道：
    合理的运用背书测试（endorsement test）与雷蒙测试（Lemon test）[30]显示本案中委员会的政策充分且明显的违反禁止设置条款。为了进行这项判决，我们处理了关于智慧设计是否为科学的根本问题，结论是它并不是，而且智慧设计无法将自己从创造论者脱离，因此它的前身是个宗教。……
    多佛地区的公民被投票给智慧设计政策的委员会成员给拙劣的对待。讽刺的是其中几位成员公开的对他们自己的宗教信念感到坚定且骄傲，却多次的说谎企图掩盖他们的行为，并掩饰他们在智慧设计政策背后的真实目的。我们对于智慧设计的许多主要宣称所带的诚意，以及驱动学术热忱的深厚信仰并没有疑问。我们并不反对智慧设计应该继续被研究、辩论与讨论。如所述，我们今天的结论是，在公立学校的科学课程中教授智慧设计以取代演化违反宪法。……
    反应
    法官琼斯考虑到他的裁决将会引起争论，因此在他的判决中说：“无法接受我们的控诉的人，将可能视之为一位激进法官的产物。如果是这样，他们是错的，这里明显地不是个激进的法院。反之，这件诉讼案是源自一个教育委员会中一个信息错误的团体，他们受助于一个专注于国家大众兴趣的法律公司，这个法律公司希望找到能够测试宪法的智慧设计案件，因此驱使委员会采取了一项鲁莽且最后违宪的政策。委员会的决定愚蠢得令人惊讶，明显的违抗了经由这次审判中所显露的事实根据。多佛学区的学生、家长与教师不应卷入这次的司法风波，这完全是浪费政府财政与个人资产。…”
    发现研究院科学与文化中心的约翰•玮斯特（John West）博士说：“多佛案的判决是一位激进的联邦法官企图阻止一项科学思想的扩散，甚至以政府的审查制度而不是公开的讨论，来抑制对于达尔文演化论的批评。这将是没用的。他将发现研究院与多佛教育委员会的立场相结合，完全扭曲了智慧设计，与研究它的科学家的行动。[31]”
    原告方的律师罗斯采尔德认为，虽然美国的法律制度使宾夕法尼亚的法庭判决，不能控制堪萨斯或其他州的行为，但是这是一个有说服力的判决。会使其它地方了解在课程中也加入智慧设计，不会得到任何好处。被告方的律师汤普森认为，判决的影响力有限，且只适用于宾夕法尼亚的多佛学区。并认为法庭的判决只关系到多佛学区的3千名学生，在其它地方则没有约束力[32]。
    报纸则关注于法官“共和党徒与经常上教堂的人”之身分[33]。