纽约地铁
　　纽约地铁是大纽约地区的大众运输骨干，亦为全球最错综复杂，且历史悠久的公共地下铁路系统之一，目前共有469个车站，轨道长度约为656英里（约1,056公里），若加上地下街和地下相连通道等，则长达842英里（约1,355公里），连接纽约市五大区的四区，而史泰登岛是以渡轮和公车与曼哈顿和布鲁克林连接。现由纽约大都会运输署管理，纽约市公共运输局负责营运。其下又分为IRT、BMT及IND三个子系统。
　　纽约市轨道交通运输史十分悠久。早在1870年左右，就开始兴建高架铁路，自那十几年后，密密麻麻的高架铁路网以经遍布曼哈顿的上空，但高架铁的缺点日益明显，即过时、吵闹，又有碍市容，逐渐导致民怨。1900年，纽约的第一家地铁公司IRT成立。1904年10月27日，第一条地铁南北干线正式通车，起自位于百老汇的市政府站，北至大中央车站，再沿42街西至时报广场，之后又往北至百老汇大道及145街的终点站。之后纽约地铁的路线又沿着这条干线扩建、延伸，直至今日的规模。

　　PATH
　　纽新航港局过哈德逊河捷运（Port Authority Trans-Hudson,简称PATH）是连结曼哈顿、泽西市及霍伯肯的一个大众交通运输系统，穿过哈德逊河下，由纽约与新泽西港口事务管理局（英语：Port Authority of New York and New Jersey, PANYNJ）。PATH的车站位于曼哈顿的第六大道与世贸中心以及纽华克，并与纽约地铁及新泽西多数重要交通枢纽有转乘连结。由于PATH是由纽新航港局所营运，所以无法与任何其他交通工具免费转乘。PATH系统长度22.2 公里，不包括轨道重叠的部份。PATH像纽约地铁一样全年无休。
　　许多人居住于新泽西的哈德逊河岸得以藉PATH通勤至纽约市上班，这功能造就新泽西哈德逊河沿岸城镇的繁荣，使得泽西市、霍伯肯、及以北的哈德逊郡与博根郡地区被称为新泽西的黄金海岸（Gold Coast）。

　　机场联络轨道系统
　　肯尼迪国际机场及纽华克自由国际机场有机场联络轨道系统提供服务。肯尼迪机场捷运即为一条长13公里、将肯尼迪机场与纽约地铁及长岛铁路连接的轨道运输系统。纽华克机场捷运长3公里，并连接纽华克机场的三座航站大厦以及新泽西铁路东北走廊线的城际列车。两个系统皆提供在航站大楼之间的免费运输。
　　目前，肯尼迪机场与纽华克机场相通的机场捷运系统已经通车，名为"AirTrain JFK rail system"。单程票价为5美金，如购买月票则为40美金。该系统的完成，将使大纽约地区的交通更加便捷，包括纽约地铁A、E、J、Z列车及长岛铁路等运输工具都相连在一起，若从曼哈顿的宾州车站到肯尼迪机场只要花45分钟。

 　　通勤铁路
　　纽约大都会运输署（Metropolitan Transportation Authority, 簡寫MTA）营运及维护纽约地区之通勤铁路，其中主要的有大都会北方铁路与长岛铁路，并拥有位于曼哈顿的大中央车站与部分的宾夕法尼亚车站。大都会北方铁路（Metro-North Commuter Railroad Company，Metro-North）是一条提供纽约上州与康乃狄克州的居民往返纽约市的通勤铁路。所有大都会北方铁路列车的纽约市终点站是大中央车站，往北可到达纽约州的瓦塞克（Wassaic）、波基普希（Poughkeepsie）、杰维斯港（Port Jervis）与春谷（Spring Valley）以及康乃狄克州的纽坎楠（New Canaan）、丹伯里（Danbury）、沃特伯里（Waterbury）与纽黑文。长岛铁路（Long Island Rail Road，LIRR）提供铁路服务给长岛居民，以宾州车站为终点站，这条铁路是全美最忙碌的通勤铁路。新泽西捷运公司也有提供新泽西的通勤铁路路线，可以到达纽华克以及新泽西州府翠顿再连接往南至费城。在纽约市的终点站为宾州车站。
 

　　城际铁路
　　美国国铁（Amtrak）提供纽约市的城际铁路交通，提供多条北往波士顿、南往费城与华盛顿特区的铁路服务，并以位于曼哈顿中城34街上的宾州车站作为主要车站。
　　此外，美国国铁的高速铁路列车Acela亦于纽约市、华盛顿特区及波士顿之间的东北走廊提供城际运输服务。
　　纽约宾州车站是美铁在美国内最繁忙的车站，2004年的总乘客量为四百三十万人次，为第二繁忙的费城三十街车站的两倍以上 宾州车站有多条纽约地铁与公车路线连接。