洛根国际机场位于邻近的东波士顿，运营波士顿的大部分定期客运业务。在城市30英里（48公里）半径范围内还有许多小型机场。

　　波士顿市中心的街道没有规则可循，因为它们是在几个世纪以前根据需要而形成，并未经过规划，逐渐填满了小小的半岛。一些迂回曲折的街道，每一段都有不同的名称，忽而消失，忽而又随意的分成数条小巷。2006年3月的《自行车》杂志将波士顿列为美国最不适合骑自行车的城市之一。波士顿被描绘成一个"广场之城"，传统上将主要大道的交叉点用该市的历史名人命名。另一方面，后湾、东波士顿、波士顿南区和南波士顿的街道则用方格系统命名。这些方格路网建造在该市早期形成的杂乱街道外围。

　　波士顿是90号州际公路（又称为马萨诸塞收费公路）的东部起点，95号州际公路环绕该市，当地称为马萨诸塞128号公路；93号州际公路从北到南纵贯该市。穿过波士顿市中心的中央动脉车流量极大，于是改为通过一条地下大隧道（Big Dig）通过市中心。

　　波士顿地铁是美国第一个地下快速运输系统，现已扩展到65.5英里长，北到马尔登，南到Braintree，西到牛顿。波士顿的郊区通勤铁路长度超过200英里，北到梅里迈克河谷，西到伍斯特，南到普罗维登斯。波士顿有31.5%的通勤者使用公共交通。由于城市布局紧凑，学生数量众多，在波士顿步行者的数量达到13%，远比美国同规模城市多。