罗伯特•萧当时指挥马萨诸塞州第54志愿步兵团。它是联邦军队在北方招募的第一个美国黑人兵团。大多数黑人志愿兵是受到黑人演说家弗雷德里克•道格拉斯（Frederick Douglass）的激励而从军。他们相信（事实并非如此）原来的奴隶和其他黑人只要与美国白人并肩作战，就会获得完整的公民权利。但招募黑人士兵来保卫共和国引起了争议，第54团必须付出更多牺牲才能证明其价值。
    1863年夏天，萧指挥第54团对南卡罗莱纳州的华格纳堡发动一次大胆袭击。那座位于莫里斯岛（Morris Island）的要塞防卫着南方邦联的主要港口查尔斯顿。它建在高出海滩30英尺的土墙上，只有一面对着陆地，还隔有一道灌满水的10英尺宽的壕沟。因为前两天在大雨中行军，萧的部队于7月18日接近华格纳堡时已精疲力竭。他们的指挥官可能已经知道，在攻击开始前结局就已经注定，因为北军的数量远不及南军。虽然如此，萧策马冲入战场，挥舞着指挥刀大声呼唤：“前进，54团！”当他冲到城墙下时，三颗敌人的子弹把他射倒。他的身体后来被扒光衣物并与士兵的尸体一起丢入一个集体坟墓。
    该团在华格纳堡一役总共损失了281名官兵（包括阵亡和失踪者），伤者不计其数。这次战斗的幸存者之一、弗雷德里克•道格拉斯的儿子刘易斯（Lewis）事后说，尽管大败，但马萨诸塞州第54兵团“赢得了战斗部队的名声 ，没有一个人退缩”。他们的英勇事迹被广为报道，激励了黑人为自己的事业而战。林肯总统认为，黑人部队所提供的额外战斗力对战争的结果发挥了关键性影响。