一转眼，当时沸沸扬扬的“华裔间谍科学家案”已经过去11年有余。李文和也回到了自己平静的生活中。然而，斯文的李文和仍然坚持美国政府欠他一个正式道歉。在狱中他曾说：“一个像我这样的中国人，不论多么聪明，多么努力，永远不会被美国社会所接受。”
　　出狱后，他将回忆录取名为《我的祖国起诉我》，其苦涩难言之情溢于纸面。
　　从联邦调查局
　　6小时的询问开始
　　李文和，1939年生于台湾南投。自国立成功大学机械工程学系毕业后，24岁的李文和带着不多的美元，怀揣着美国梦，像成千上万的普通中国留学生一样赴美深造。7年后，他在得克萨斯农工大学(Texas A&M University)获得了机械工程学博士学位。离开大学校园后，他于1974年顺利加入美国籍，1978年走进美国顶尖国家级实验室、洛斯阿拉莫斯国家实验室，这里曾制造出世界上第一颗原子弹。李文和在这里一干就是20年，靠天分和努力成了“洛斯阿拉莫斯国家实验室受拥戴的精英科学家之一”。他研究的多种核反应堆及其模式被许多国家所采用，为防止核泄漏立下赫赫战功。他计算出的一个常规武器形状和威力的方程式甚至被应用到了1991年的海湾战争中。
　　这种平静安宁的生活一直维持到了1998年。正在筹划在第二年退休的李文和被抛入了凶险的政治深谷。由于被怀疑“向中国泄露核机密”，他接受了联邦调查局的询问和长达6小时的测谎检查。在长达6小时的询问中，毫无经验的他说了许多此后成为罪证的话。他回忆道：“我太迟钝了，没有看出他们的花样。”特工和善的外表欺骗了他。
　　李文和不断回想可能发生的事情，想证明自己的清白。比如，自己曾经在1987年夏天，为实验室雇佣过一位来自中国的、在匹茨堡大学学习的学生，担任自己的实习生。又如，自己在1988年在中国开会时，曾经有一位名为胡思德的科学家到下榻的饭店来拜访自己——而胡思德正是中国核弹小型化方面的带头专家，虽然李文和对此毫不知情。特工继续追问他，中国之行之后是不是还和这些科学家保持联系？李文和经过回忆之后，承认曾经收到过一两封信，向他索要他发表过的一些非涉密文章。他在不违反洛斯阿拉莫斯国家实验室规定的情况下，寄出了这些文章。此后的几年中，他和一些中国科学家互相寄过圣诞贺卡，不过之后这些联系就中断了。
　　这一系列碎片组合起来，让联邦调查局认为已经“锁定”了其间谍的身份。于是，他们决定对李文和进行测谎检查。虽然有些恼怒，然而单纯的科学家李文和认为“测谎仪不会撒谎”。于是，1999年2月10日，他在运通假日酒店的房间里接受了这次测谎检查。他拿到一份文件，上面声明此项检查过程不录像也不录音，受检查人有权请律师，也有权拒绝检查随时离开。李文和带着华人“身正不怕影子歪”的天真逻辑，在未请教过律师的情况下在文件上签了字。紧接着，测谎检查就开始了。
　　测谎问题由日常问题和目标问题穿插构成。两个目标问题“你有没有把W-88(核弹小型化技术)的信息给过未经许可的人？”和“你有没有把核心武器代码给过未经许可的人？”穿插在“你结婚了吗？”“你是否讨厌黑人？”“你违法进行过赌博吗？”之类的日常问题中进行测试。李文和回忆道：“整个上午，我们重复了好几套类似的问题。每一套都包括那两个主要问题，再加上其他一些问题……我右胳膊上的血压计皮囊绑得太紧，我的手指都麻木了。在回答问题的时候，我的手指好几次都出现跳动或者抖动。接在我大拇指上的线也太紧，紧得有点疼。”
　　看着测谎仪上显示的结果，一位名为里奇的特工皱着眉对李文和说：“文和，你没有通过测试。”李文和对此结果毫无心理准备，顿时陷入手足无措的情绪中。“我想你大概无意中对中国科学家说了一些机密的东西。”里奇说道，“你能不能想一想你是不是做过这样的事情？比方说，是不是无意中把引爆点的信息告诉了他们？如果你说了，那就告诉我，我会想办法帮助你的，因为对无意所犯错误的惩罚是很轻的。”
　　在没有律师在场的情况下，李文和说出了更多对自己不利的“供词”。比如，1988年在和中国科学家的会谈中，自己也许说过一些技术应用的话题，比如起爆之后喷气形成的问题、有关拉格朗日算法和模拟粘质的方程，等等。但是，用李文和自己的话说：“这些都是非机密的话题。多数工程技术类的大二学生都能理解。”听他这么说，特工里奇摇了摇头道：“文和，现在就承认吧，这是我能帮助你的最后一次机会了。如果不承认，你走出这个房间之后，我就帮不上你了，而且你也许会被抓起来。”“可是我不能说这样的话，因为我从来就不是什么间谍。”李文和说道。“那我们等着看看吧。”里奇微笑着，富有深意地说。
    不断收紧的网
　　果然，这张大网渐渐向李文和收紧。紧接着，不利的证据一再出现。一份录音谈话表明，李文和曾于1982年与一位来自台湾的、工作于加州劳伦斯利佛莫尔国家实验室的华裔科学家进行过交谈。此人是一个代号“老虎陷阱”的美国政府调查行动中被侦查的嫌疑人物。一个名为“志趣相投分析小组”的专业组织向联邦调查局提交了一份关于“李文和间谍罪嫌疑”的报告。