玛加丽塔的身份已经透给爱因斯坦，难免受到美国政府的追查。为了安全起见，苏联方面命令科涅库夫夫妇回国，以免招惹不必要的外交麻烦。情人就这样永久离去，爱因斯坦难受万分，他也曾经试图苦苦哀求玛加丽塔留下来，但是玛加丽塔继续留在美国的危险性，他比谁都清楚。两人最终泪眼相别。
    1945 年12 月，科涅库夫夫妇安全返回苏联后， 获得了一笔奖金和一幢乡间别墅，随即退役并且隐居。她奉克格勃指示，寄给爱因斯坦一个虚假的收信地址，用异地通信的方式安慰爱因斯坦受伤的心，帮他平稳渡过感情危机。不久以后，苏美陷入冷战阶段，玛加丽塔被迫彻底切断了与爱因斯坦的通信联系。科涅库夫早知道了妻子和爱因斯坦的特殊关系，他将所有精力都投入到艺术创作之中，玛加丽塔则足不出户， 沉浸在对往事的回忆里。十年后， 1955 年，爱因斯坦因为动脉瘤破裂而去世。1980 年，在丈夫去世六年后，玛加丽塔也永远合上了双眼。
    在漫长的分离的日子里，他们都只能生活在互相的思念之中。
    爱因斯坦在那张写有亲笔题词的自画像中这样写道：“苦难也罢/ 甜蜜也罢/ 都来自我不能左右的外部世界/ 而我只能孤寂地生活着/ 回想往事/ 我曾经痛苦万分/ 也曾甘之如饴……让一切都留在永远的记忆中吧。”有人说，这首小诗是爱因斯坦思念玛加丽塔有感而发所作的。
    然而，爱因斯坦至死也没有再见到这位令他魂牵梦萦的俄罗斯女性。那张凝结着痛苦的思念与甜蜜的回忆的自画像，至今仍然保存在爱因斯坦纪念馆。玛加丽塔回到祖国，安静地老去、死去，临死前她让家人销毁了大部分信件。但是从玛加丽塔至死保留的爱因斯坦最动人的九封情书以及手表等物品来看，这位美丽的女性并未能忘怀与爱因斯坦曾经的甜蜜时光，一直珍藏着对爱因斯坦的那份爱情。
    面对痛哭的情人，爱因斯坦惊讶万分。但是爱因斯坦十分清楚玛加丽塔的处境， 知道她如果完不成任务，就会面临很多麻烦。为了换取情人的笑容，爱因斯坦决定冒险一试。
    另一方面，无孔不入的美国中央情报局，早就因为爱因斯坦同情共产党而秘密监视他，在中央情报局的调查档案里，有着厚厚一迭关于爱因斯坦的记录。爱因斯坦不知道美国政府对他的怀疑和监视，但是他深知与苏联的接触必将给他带来莫大的麻烦。
    原子弹在日本广岛、长崎爆炸之后，爱因斯坦和“曼哈顿”计划的大多数科学家一样，陷入了深深的自责之中。自己曾经力推的为了人类和平着想的伟大计划，最终给人类带来了莫大的伤害。通过玛加丽塔向苏联透露原子弹的制造秘密，除了使情人脱离困境，爱因斯坦也有关于人类和平的考虑。他不愿让美国独家垄断杀伤性极大的原子弹，成为足以威胁世界的核大国，当初为了阻止德国开发原子弹而促成了美国的研发成功，现在，为了遏制美国原子弹的发展，只有借助苏联这个超级军事大国的力量了。只有力量均衡的核对抗，才能阻止可怕的核战争。
    爱因斯坦与苏联副领事米哈依洛夫秘密见了面，考虑到安全因素，他们的会面被安排在了普林斯顿郊外的一个小湖边。在米哈依洛夫的建议下， 爱因斯坦给苏联科学院写了份电报，在电文中爱因斯坦主要强调了原子武器给世界带来的新危险。至于爱因斯坦是否为苏联情报机构提供过其他有价值的情报，却不得而知。这次会面的成功，玛加丽塔显然是最大的功臣。
    爱因斯坦在1945 年10 月写给玛加丽塔的信中写道：“我在纽约收到了这封急电。我时常想念你。我全心希望你能够快乐勇敢地开始新的生活。我已经与领事见过面了，完成了艰难的任务。”
    玛加丽塔到底是否从爱因斯坦那里搞到了有价值的情报？历史烟尘淡去了记忆，守口如瓶的当事人也已经去世，留下众多历史谜团。1995 年，原苏联克格勃的领导人苏多普拉托夫在《情报机关与克里姆林宫》一书中称，玛加丽塔从爱因斯坦那里得到了大量导弹、核武器的尖端技术资料。不过美国专家并不愿意承认，他们认为，爱因斯坦从事的大多是理论研究，与美国原子弹的发明并没有直接联系，他本人也没有参加“曼哈顿”计划的研发。苏联间谍之所以对他感兴趣，很可能是为了意识形态上的原因，“很显然，如果大科学家爱因斯坦肯为苏联说话，支持苏联开发原子弹，那么苏联的原子弹开发就更加名正言顺了”。